1989 metais aktyvūs tikintieji, surinkę daugiau kaip 2000 parašų, susibūrė į Palemono ir Neveronių katalikų religinės bendruomenės komitetą, kurį sudarė 20 narių. Pirmuoju komiteto pirmininku buvo išrinktas Stasys Mačiulis, sekretore – Teklė Cibulskienė, kasininku – Antanas Kulvietis.

Nuo 1989 metų gruodžio 25 dienos Kauno šv. Vincento Pauliečio (Petrašiūnų) parapijos klebonas kun. Albinas Graužinis, aktyviai palaikęs bažnyčios Palemone statybos idėją, pradėjo aukoti šv. Mišias privačiame Albertinos Taujenytės name (Marių g. 18). Albertina Taujenytė, Vincento Taujenio dukterėčia, išpildė savo giminaičio troškimą - turėti Palemone bažnyčią - padovanodama sklypą ir dalį gyvenamojo namo su ūkiniu pastatu bendruomenės poreikiams. Šią laikiną koplyčią, papuoštą Aušros vartų Marijos paveikslu sekmadieniais aptarnaudavo Petrašiūnų kunigai. Mišios vykdavo antro aukšto balkone arba pirmo aukšto didžiajame kambaryje. 

Švč. M. Marijos Rožančiaus Karalienės bažnyčia Palemone pradėta statyti 1991 metų birželio 4 dieną. Bažnyčios architektas Gediminas Jurevičius.

1991 metų spalio mėnesį arkivyskupas Sigitas Tamkevičius SJ pašventino bažnyčios kertinį akmenį.

Nors uolūs vietos tikintieji jau buvo surinkę daug aukų bažnyčios statybai, lėšų stigo. Lietuvoje besikeičiant pinigams, statyba sustojo.

1992 metų birželio viduryje į Petrašiūnų parapiją buvo paskirtas kun. Krizantas Juknevičius SDB. Kardinolas V. Sladkevičius pavedė jam rūpintis ne tik Petrašiūnų parapija, bet ir Palemono tikinčiaisiais ir naujai statoma bažnyčia.

1993 metais palemoniečiams ir neveroniečiams oficialiai sutikus, naujos parapijos kūrimas ir bažnyčios statyba pavesta Šv. kun. J. Bosko Saleziečių Draugijai. Saleziečiams sutikus perimti kurti parapiją ir savo lėšomis statyti, visu greičiu prasidėjo ne tik bažnyčios, bet ir saleziečių bendruomenės namų statyba. 

Tais pačiais metais šventoriaus teritorijoje pradėtas statyti Marijos Krikščionių Pagalbos Dukterų Instituto (seserų saleziečių) namas.

1993 metų gegužės 10 dieną kun. Kr. Juknevičius atleidžiamas iš Petrašiūnų parapijos klebono pareigų ir paskiriamas naujos Palemono parapijos klebonu. Nuo tada šv. Mišios jau vyko naujai statomos bažnyčios rūsyje. Šioje laikinoje koplyčioje buvo pastatytos Marijos Krikščionių Pagalbos ir Šv. kun. Jono Bosko statulos.

Bažnyčios vidaus statybos darbai galutinai baigti 1996 metų pavasarį.
1996 metų rugpjūčio 15 d. Kauno Metropolitas Arkivyskupas S. Tamkevičius pašventino naująją Švč. Mergelės Marijos Rožinio Karalienės bažnyčią.

1997 metais bažnyčios vidų papuošė liaudies meistras Henriko Ratauto medžio drožiniai - „Šviesos kelias“, pasakojantys Švento Rašto įvykius po Jėzaus prisikėlimo.

Altorius, krikštykla, tabernakulis, sakykla, vėliau ir tradiciniai Kryžiaus keliai sukurti to paties menininko.

Bažnyčioje K. K. M. Karnaševičių sumontuoti iš Anglijos atvežti 1939 metų gamybos vargonai.

2001 m. gegužės mėn. 23 dieną į bažnyčios varpinę buvo įkelti S. Stulpinio atgabenti, Lenkijoje nulieti varpai. Didžiausias varpas pavadintas Švč. M. Marijos ir šv. J. Bosko garbei, antrasis šv. Antano - Lietuvos saleziečių pradininko kun. Antano Skelčio šventojo globėjo garbei, trečiasis - lietuvaitės kankinės Elenos Spirgevičiūtės (pradėta jos beatifikacijos byla) garbei.

Kasmet parapijoje švenčiami šie atlaidai:

 – šv. J. Bosko – sausio 31 d., 

– Švč. M. Marijos Krikščionių Pagalbos – gegužės 24 d. 

– Švč. M. Marijos Rožinio Karalienės – spalio 7 d.